ローン控除は購入した住宅購入代金の1%の税金が還付されるという特例ですが、住宅購入資金の贈与の特例を受けていると、特例金額は購入代金から引いて計算しなければならないとなっています。
これを誤って申告してた人がいると会計検査院から指摘を受けて調べてみたら全国で12600人いたと言うことです。
住宅ローン減税でミス 数十万円の追加納税必要な事例も(朝日新聞)
説明書やチェックシートにはその旨記載がありますが、申告後の還付申告の審査の段階で指摘できなかったのが大事になった原因だと思います。
それぞれの特例は所得税と贈与税で申告書も別々ですし管轄する部署も違い、システムも違いますので把握は難しかったんだと思います。
これから順次、申告した人に封書での連絡がいくと思いますが、国税庁のホームページでもお知らせされています。
是正を要すると見込まれる納税者の皆様に対しては、所轄の税務署から、今一度ご自身の申告内容を見直していただき、申告誤りのあった内容の是正と不足分の税額の納付を行っていただくことをお願いしています。
これは「調査の通知」ではなく「行政指導」だと思われます。行政指導は調査ではありませんので加算税はかかりませんが、ほっておくと調査になってしまっていい事ありません。
見直してもわからない場合は、担当の税務署へ連絡してみてください。